Film, 1960'ların atmosferinde geçen bir hikâyeyi anlatır. Bu dönemde, süper güçlere sahip insanlar arasında kaybolmuş olan Charles Xavier ve Erik Lensherr, benzer yeteneklere sahip diğerleriyle iletişim kurmak ve onları korumak amacıyla güçlerini birleştirme kararı alırlar. Ancak, Erik'in geçmişinde yaşadığı trajediyi ateşleyen, intikam hırsıyla yanıp tutuşan bir mutantın ortaya çıkışı, bu iki dostun arasına kalıcı bir ayrılık tohumu ekmesine neden olur. Bir zamanlar birlikte çalışan Xavier ve Erik, farklı yolları seçmek zorunda kalır ve insanlık için yeni bir umut arayışı, ayrılığın gölgesinde gelişir.